Chuyển đến nội dung chính

Towards Better BBB Passage Prediction Using an Extensive and Curated Data Set

http://repository.vnu.edu.vn/handle/VNU_123/11508

In the present report, the challenging task of drug delivery across the blood-brain barrier (BBB) is ad-dressed via a computational approach. 



The BBB passage was modeled using classification and regression schemes on a novel extensive and curated data set (the largest to the best of our knowledge) in terms of log BB. 
Prior to the model development, steps of data analysis that comprise chemical data curation, structural, cutoff and cluster analy-sis (CA) were conducted. Linear Discriminant Analysis (LDA) and Multiple Linear Regression (MLR) were used to fit clas-sification and correlation functions. 
The best LDA-based model showed overall accuracies over 85% and 83% and for the training and test sets, respectively. Also a MLR-based model with acceptable explanation of more than 69% of the variance in the experimental logBBwas developed. 
A brief and general interpretation of proposed models allowed the estimation on how ‘near’ our computa-tional approach is to the factors that determine the pas-sage of molecules through the BBB. In a final effort some popular and powerful Machine Learning methods were considered. 
Comparable or quite similar performance was observed respect to the simpler linear techniques. 
Most of the compounds with anomalous behavior were put aside into a set denoted as controversial set and discussion re-garding to several compounds is provided. 
Finally, our re-sults were compared with methodologies previously report-ed in the literature showing comparable to better results. 
The results could represent useful tools available and repro-ducible by all scientific community in the early stages of neuropharmaceutical drug discovery/development projects.


Title: Towards Better BBB Passage Prediction Using an Extensive and Curated Data Set
Authors: Le, Thi Thu Huong
Keywords: Linear discriminant analysis;Multiple linear regression relationship;· Blood brain barrier;BBB endpoint;Dragon descriptor
Issue Date: 2015
Publisher: Wiley
Abstract: In the present report, the challenging task of drug delivery across the blood-brain barrier (BBB) is ad-dressed via a computational approach. The BBB passage was modeled using classification and regression schemes on a novel extensive and curated data set (the largest to the best of our knowledge) in terms of log BB. Prior to the model development, steps of data analysis that comprise chemical data curation, structural, cutoff and cluster analy-sis (CA) were conducted. Linear Discriminant Analysis (LDA) and Multiple Linear Regression (MLR) were used to fit clas-sification and correlation functions. The best LDA-based model showed overall accuracies over 85% and 83% and for the training and test sets, respectively. Also a MLR-based model with acceptable explanation of more than 69% of the variance in the experimental logBBwas developed. A brief and general interpretation of proposed models allowed the estimation on how ‘near’ our computa-tional approach is to the factors that determine the pas-sage of molecules through the BBB. In a final effort some popular and powerful Machine Learning methods were considered. Comparable or quite similar performance was observed respect to the simpler linear techniques. Most of the compounds with anomalous behavior were put aside into a set denoted as controversial set and discussion re-garding to several compounds is provided. Finally, our re-sults were compared with methodologies previously report-ed in the literature showing comparable to better results. The results could represent useful tools available and repro-ducible by all scientific community in the early stages of neuropharmaceutical drug discovery/development projects.
URI: http://repository.vnu.edu.vn/handle/VNU_123/11508
ISSN: 1868-1751
Appears in Collections:SMP - Papers / Tham luận HN-HT

Nhận xét

Bài đăng phổ biến từ blog này

Thác triển khai toán tử ngẫu nhiên trong không gian banach khả ly

http://repository.vnu.edu.vn/handle/VNU_123/36998 Keywords Xác suất, Thống kê toán học, Toán tử ngẫu nhiên, Không gian Banach Citation Trần, M. C. (2011). Thác triển khai toán tử ngẫu nhiên trong không gian banach khả ly. Luận án Tiến sỹ, Đại học Quốc gia Hà Nội, Việt Nam Publisher Trường Đại học Khoa học Tự nhiên Appears in Collections: HUS - Dissertations

Vấn đề kết hôn của phụ nữ Việt Nam với nam giới Đài Loan

Trong bối cảnh toàn cầu hóa và việc Việt Nam gia nhập WTO, chắc chắn quan hệ kinh tế -văn hóa giữa Việt Nam với các nước trên thế giới trong đó có khu vực Đông Bắc Á sẽ ngày một phát triển hơn. Cùng với sự gia tăng đầu tư trực tiếp,quan hệ buôn bán, trao đổi văn hóa,v.v.. số lượng người từ các nước thuộc khu vực Đông Bắc Á đến Việt Nam làm ăn cũng ngày một gia tăng, kéo theo sự gia tăng các cuộc hôn nhân giữa người Việt Nam với công dân của các quốc gia trong khu vực. Bài viết này đề cập cụ thể tới hôn nhân giữa phụ nữ Việt Nam và đàn ông Đài Loan. Về phía Đài Loan, vấn đề kết hôn giữa đàn ông Đài Loan với các cô gái Việt Nam đã được Văn phòng Cục lãnh sự Bộ ngoại giao Đài Loan thống kê sớm nhất vào năm 1994 với 530 người, và những số liệu từ năm 1997 trở về trước được thống kê đầy đủ hơn so với số liệu của Văn phòng Kinh tế - Văn hóa Đài Bắc ở thµnh phè Hồ Chí Minh. Trái lại, số liệu của Văn phòng kinh tế -Văn hóa Đài Bắc ở TP Hồ Chí Minh từ những năm 1998 lại đây lại có ...

Những vấn đề lý luận và thực tiễn về nguồn của Luật Hình sự Việt Nam

http://repository.vnu.edu.vn/handle/VNU_123/62839 Nguyễn, A. T. (2018). Những vấn đề lý luận và thực tiễn về nguồn của Luật Hình sự Việt Nam. Luận án tiến sỹ, Đại học Quốc gia Hà Nội, Việt Nam So với các công trình khoa học đã công bố nghiên cứu về đề tài nguồn của luật hình sự, luận án có những điểm mới sau đây: Một là, luận án đã phân tích, làm rõ nội hàm khái niệm nguồn của luật hình sự, đặc điểm và nhiệm vụ của nguồn của luật hình sự. Hai là, luận án đã xây dựng lý luận về mô hình hệ thống nguồn của luật hình sự. Tác giả luận án lần đầu tiên đề xuất quan điểm về nguồn giải thích của luật hình sự. Theo tác giả luận án, nguồn của luật hình sự là một hệ thống thống nhất, bao gồm hai bộ phận cấu thành là: 1) Nguồn quy định tội phạm, hình phạt và các chế định pháp lý hình sự khác và 2) Nguồn giải thích của luật hình sự. Ba là, luận án đã nghiên cứu một cách hệ thống nguồn của luật hình sự trong các truyền thống pháp luật lớn trên thế giới dưới góc độ luật so sánh. Bốn...